ショウジョウバエ属（118種）
ショウジョウバエ属 (Genus Drosophila)
Scaptodrosophila
マメショウジョウバエ亜属 (10種)
Psilodorha
ニセオトヒメショウジョウバエ亜属 (1種)
Hirtodrosophila
フサショウジョウバエ亜属 (32種)
D. denticeps sp.-group
ヒトリシズカショウジョウバエ種群
D. quadrivittata sp.-group
スジフサショウジョウバエ種群
D. hirticornis sp.-group
ヒゲフサショウジョウバエ種群
Dorsilopha
ヒョウモンショウジョウバエ亜属 (1種)
Lordiphosa
ニセヒメショウジョウバエ亜属 (8種)
Sophophora
シマショウジョウバエ亜属 (28種)
D. obcura sp.-group
ウスグロショウジョウバエ種群
D. obcura sp.-subgroup
ウスグロショウジョウバエ種亜群
D. affinis sp.-subgroup
ヒメクシウスグロショウジョウバエ種亜群
D. melanogaster sp.-group
キイロショウジョウバエ種群
オウトウショウジョウバエ種亜群
タカハシショウジョウバエ種亜群
D. melanogaster sp.-subgroup
キイロショウジョウバエ種亜群
D. ficusphila sp.-subgroup
イチヂクショウジョウバエ種亜群
D. ananassae sp.-subgroup
アナナスショウジョウバエ種亜群
D. montium sp.-subgroup
トラフショウジョウバエ種亜群
カザリショウジョウバエ種亜群
Drosophila
ショウジョウバエ亜属 (38種)
D. virilis section
クロショウジョウバエ区
D. virilis sp.-group
クロショウジョウバエ種群
カラスショウジョウバエ種群
D. robusta sp.-group
オオクロショウジョウバエ種群
D. repleta sp.-group
マダラショウジョウバエ種群
species group unknown
種群不明
D. quinaria section
ホシショウジョウバエ区
D. polycheata sp.-group
ダルマショウジョウバエ種群
ヨツゲショウジョウバエ種群
D. quinaria sp.-group
ホシショウジョウバエ種群
クモマショウジョウバエ種群
フタオビショウジョウバエ種群
D. melanderi sp.-group
ミヤマショウジョウバエ種群
D. histrio sp.-group
エゾショウジョウバエ種群
D. funebris sp.-group
スジショウジョウバエ種群
D. immigrans sp.-group
オオショウジョウバエ種群